68 papers
De AlphaFold-database is uitgebreid met 1,8 miljoen hoogwaardige voorspellingen van eiwitcomplexen uit bijna 4.800 proteomen, waardoor een schaalbaar structureel overzicht van interacties ontstaat dat fundamenteel is voor functionele en mechanistische ontdekkingen in de biologie.
Dit artikel beschrijft een praktische, laboratoriumgeschikte methode voor het in-house synthetiseren van functionele perfluoropolyether-fluoroppervlakteactieve stoffen via directe carbodiïmidekoppeling, waarmee biologische laboratoria de afhankelijkheid van dure commerciële bronnen kunnen verminderen en deze stoffen succesvol kunnen toepassen in diverse microfluidische workflows zoals genoomscreening en eiwitkristallisatie.
Dit artikel beschrijft de ontwikkeling van tRNA-array methode versie 2, een verbeterde in-vitro-synthesetechniek die door sequentiemodificaties en het toevoegen van een leidingssequentie de vertaalefficiëntie van gelijktijdig geproduceerde tRNA's aanzienlijk verhoogt tot het niveau van individueel bereide tRNA's.
Deze studie presenteert een methode om de polymerisatie van actine in kunstmatige protocellen (GUV's) optisch te sturen, waardoor gerichte beweging en membraanuitstulpingen worden gegenereerd die de complexiteit van celmigratie nabootsen.
Dit onderzoek toont aan dat een tijdelijke vermindering van de contractiliteit van epitheliale cellen hun migratie herprogrammeert naar een protrusie-gedreven, leiderschap-achtige staat die weefselvloeibaarheid induceert door gecoördineerde veranderingen in cytoskelet, adhesie en ERK-gemedieerde mechanotransductie.
In dit onderzoek zijn curli-vibrillen van de probiotische bacterie *E. coli* Nissle 1917 via eiwitengineering omgebouwd tot een programmeerbaar platform dat de activatie van het immuunsysteem via TLR2 effectief remt, waarbij directe receptorantagonisme als de meest veelbelovende strategie voor het moduleren van ontstekingsreacties op slijmvliezen naar voren komt.
Dit onderzoek toont aan dat een geautomatiseerd actief leernetwerk de samenstelling van het PURE-systeem effectief kan optimaliseren, wat leidt tot een tot drievoudige verhoging van de eiwitopbrengst en inzicht geeft in de DNA-concentratie-afhankelijke en gen-specifieke aard van deze optimalisatie.
In deze studie werd de biosynthese van ethyleenglycol uit xylose in geengineerde E. coli geoptimaliseerd door een tweefasige dynamische controlestrategie toe te passen, wat resulteerde in een productie van 140 g/L met 92% van de theoretische opbrengst in fed-batch fermentatie.
Dit onderzoek presenteert een nieuwe methode waarbij endogene intron-RNA's worden gebruikt als triggers voor conditionele guide-RNA's, waardoor CRISPR/Cas9-gemedieerde genbewerking specifiek wordt beperkt tot cellen die het doelwitgen tot expressie brengen en ongewenste off-target effecten in vivo worden voorkomen.
Dit artikel introduceert CombinGym, een benchmarkplatform met 14 gecureerde datasets dat de prestaties van negen machine learning-algoritmes voor het ontwerpen van combinatorische proteïnevarianten evalueert en aantoont dat het gebruik van lagere-orde mutatiegegevens de voorspelling van hogere-orde eigenschappen verbetert, wat experimenteel is gevalideerd.
Deze studie presenteert een systematische benadering voor het ontwerpen van robuuste bacteriële AND-schakelaars in *Escherichia coli* die twee chemische signalen integreren, waarbij succesvolle architecturen worden gekenmerkt door het onderdrukken van gedeeltelijk geïnduceerde toestanden en het toepassen van specifieke, sequentiebewuste ontwerpregels om contextafhankelijkheid te minimaliseren.
In deze studie wordt aangetoond dat de expressie van heterologe transporters de fenylalanine-ammonia-lyase-activiteit in ingenieursbacteriën van *Lacticaseibacillus rhamnosus* GG aanzienlijk verbetert door substraattransportbeperkingen te overwinnen, terwijl chemische oppervlakteactieve stoffen geen positief effect hadden.
Dit theoretisch preklinisch manuscript introduceert het Cepeda Framework, een modulaire, veiligheidsgerichte architectuur die via 21.000 simulaties is ontwikkeld om gecoördineerde verjonging van alle 12 officiële verouderingshallmarks te testen zonder pluripotentie-inductie, en dat een stapsgewijze validatie-roadmap biedt voordat enige klinische toepassing wordt overwogen.
In dit onderzoek worden zeven chemisch inductieerbare promotoren, waaronder voor het eerst gecharakteriseerde systemen zoals VanRAM-PvanCC en CinRAM-Pcin, getest in *Zymomonas mobilis* en geïdentificeerd als veelbelovende, stabiele opties voor genetische manipulatie binnen de gemeenschap.
Deze studie toont aan dat genetisch gemodificeerde E. coli-bacteriën een lokaal leerregelsysteem kunnen implementeren dat het direct trainen van fysische neurale netwerken in levende materie mogelijk maakt, waardoor adaptieve multicellulaire berekening en autonome biologische hardware voor therapeutische toepassingen worden gerealiseerd.
Dit onderzoek toont aan dat bacteriële microcompartimenten een robuust en modulair platform vormen voor het efficiënt inkapselen, stabiliseren en co-organiseren van meerdere enzymen via het SpyCatcher-SpyTag-systeem, waardoor een veelzijdig systeem voor toegepaste biocatalyse ontstaat.
Deze studie presenteert een uitgebreid platform voor de bioproductie van functionele PHA-nanodeeltjes in *Cupriavidus necator*, dat genetische optimalisatie, procesinnovatie via co-cultuur en moleculaire functionalisatie combineert om duurzame, op maat gemaakte materialen voor toepassingen zoals drugslievering en biosensoren te realiseren.
Deze studie toont aan dat CRISPR-Cas9-editie-efficiëntie sterk afhankelijk is van de biologische context, aangezien dominante voorspellers variëren tussen soorten en systemen, terwijl reparatie-uitkomsten daarentegen behouden blijven.
De auteurs hebben dit manuscript ingetrokken omdat de geïsoleerde peptiden niet als actief konden worden bevestigd, aangezien deze waarschijnlijk verontreinigd waren met antibiotica die eerder in het proces werden gebruikt.
Dit artikel presenteert een gestandaardiseerd en gevalideerd plasmide-toolkit dat de implementatie van de mSwAP-In-methode voor het schrijven van grote DNA-payloads in mammaliencelgenomen vereenvoudigt door verbeterde vectoren, selectiemechanismen en CRISPR/Cas9-componenten te bieden.