📄 Category

synthetic biology

57 papers

Synthetische biologie is een fascinerend vakgebied waar wetenschappers leven niet alleen bestuderen, maar actief ontwerpen. Denk aan het bouwen van nieuwe biologische systemen of het herschrijven van genetische code om bacteriën te laten werken als mini-fabrieken voor medicijnen of schone energie. Het is een brug tussen technologie en biologie die de toekomst van geneeskunde en duurzaamheid vormgeeft.

Op Gist.Science halen we de nieuwste inzichten direct bij bioRxiv, de belangrijkste bron voor voorpublicaties in de levenswetenschappen. Voor elk nieuw artikel in deze categorie verwerken wij de inhoud tot een begrijpelijke samenvatting in gewone taal én een gedetailleerde technische analyse. Zo maken we complexe ontdekkingen toegankelijk voor iedereen, van student tot expert.

Hieronder vind je de meest recente preprints uit de wereld van synthetische biologie, zorgvuldig samengevat en direct beschikbaar voor jou.

📄 synthetic biology

Vibe Coding Specificity Foundation Models

Dit artikel introduceert Specificity Foundation Models (SFMs), een op natuurkunde gebaseerde neurale architectuur die zes diverse moleculaire herkenningsdomeinen verenigt in één enkel, uiterst data-efficiënt framework voor het voorspellen van bindingsspecificiteit zonder structurele data, waarmee wordt aangetoond dat domeinexperts succesvol deze modellen kunnen ontwikkelen en valideren met behulp van op natuurlijke taal gebaseerde "vibe coding".

Reddy, S. T.2026-06-04
📄 synthetic biology

Generating E. coli 0.5 controlled by a half-sized genome

Dit artikel presenteert een platform dat een IDE en RTE integreert om een minimaal 2,3-Mb *E. coli*-genoom te construeren, te debuggen en te stabiliseren — minder dan de helft van de grootte van het wildtype — door het gastheergenoom te vervangen door een celvrij geassembleerd gastgenoom, waardoor de capaciteit om door AI ontworpen genomen fysiek te realiseren wordt geavanceerd.

Mukai, T., Ohishi, A., Hagiuda, E., Shimamoto, K., Yoshida, K., Su'etsugu, M.2026-06-03
📄 synthetic biology

Dual-Chassis Strategy for Bridging Adaptive Evolution and Rational Design for Synthetic Biology

Dit artikel introduceert het DUET-framework, een dual-chassis strategie die een evolutie-competente gastheer gebruikt voor adaptieve laboratoriumevolutie en een genoom-gestabiliseerde gastheer voor implementatie, waarmee succesvol de transfer van een gestroomlijnde synthetische metabole route en de bijbehorende adaptieve mutaties wordt gedemonstreerd om robuuste, gereduceerde microbiële platformen te creëren.

Kurnia, K., Gifford, I., Santala, V., Barrick, J. E., Santala, S.2026-06-03
📄 synthetic biology

Characterizing Sequence-Function Relationships in Chimeric DcuS/EnvZ Histidine Kinases at Scale

Deze studie vestigt een hoogdoorvoeksnel synthetisch fluorescentiegebaseerd screeningsplatform om sequentie-functie-relaties in chimere DcuS/EnvZ histidinekinasen in kaart te brengen, waarbij sleutelresiduen worden geïdentificeerd die de ligandspecificiteit beheersen en de toekomstige snelle ontwerp van bacteriële biosensoren voor nieuwe doelwitten mogelijk maken.

Lippert, L. B., Hinton, S. R., Holston, A. S., Romanowicz, K. J., Plesa, C.2026-06-03
📄 synthetic biology

Chemically tunable permeability of engineered alpha-Hemolysin in synthetic cells

Deze studie toont aan dat chemisch gefunctionaliseerde alfa-hemolysine-nanoporen zodanig kunnen worden ontworpen dat ze een instelbaar en selectief moleculair transport over synthetische celmembranen mogelijk maken via een schaalbare, één-pot modificatiestrategie die is gevalideerd door high-throughput assays, elektrofysiologie en moleculaire simulaties.

Bobkova, E., Goetz, A., Abendroth, F., Vazquez, O., Benayad, Z., Dujmovic, V., Gutierrez-Mondragon, L., Scholz, S. A., H (…)2026-05-26
📄 synthetic biology

An engineered streptavidin condensate platform for chemically inducible control of endogenous proteins in mammalian cells

Dit artikel presenteert een veelzijdig, chemisch inductief platform dat gebruikmaakt van geengineerde streptavidine-biomoleculaire condensaten om endogeen gemarkeerde eiwitten in zoogdiercellen snel te sequesteren en vrij te geven, waardoor een nauwkeurige temporele controle van diverse eiwitfuncties mogelijk wordt zonder de artefacten die geassocieerd zijn met eiwitoverexpressie.

Kamikawa, T., Wilson, C. J., Lan, I., Nihongaki, Y.2026-05-25
📄 synthetic biology

Bioengineered algal lipids enriched in structured medium- and long-chain triacylglycerols, linoleate, and sn-2 palmitate for human milk fat substitutes

Onderzoekers hebben de olieproducerende groene alge *Auxenochlorella* zo ontworpen dat deze menselijke melkvetsubstituten biosynthetiseert die verrijkt zijn met gestructureerde triacylglycerolen met middellange en lange ketens, linolaat en sn-2-palmitaat, waardoor de kritieke structurele en samenstellingskenmerken van menselijk melkvet voor zuigelingenvoeding worden gerepliceerd.

Lin, J. Y.-T., Duenas, M. A., Kosina, S. M., Iavarone, A. T., Khoo, K., Nicora, C. D., Purvine, S. O., Northen, T. R., M (…)2026-05-16
📄 synthetic biology

Learning the structural diversity in random protein sequence space

Door één miljoen synthetische willekeurige eiwitten te screenen met een high-throughput FRET-biosensor en machine learning, onthult de studie dat biologielijke, compacte eiwitvouwingen verrassend toegankelijk en leerbaar zijn vanuit de ruimte van willekeurige sequenties, wat de opvatting uitdaagt dat functionele structuren zeldzame singulariteiten zijn.

Buchel, F., Neuwirthova, T., Tureckiova, T., Fuertes, G., Benda, A., Panek, D., Fricek, M., AlQuraishi, M., Hlouchova, K (…)2026-05-05
📄 synthetic biology

Generative design of sequence specific DNA binding proteins

Dit artikel presenteert een deep learning-framework dat RFdiffusion combineert voor structuurgeneratie en AlphaFold3 voor off-target screening, waarmee succesvol sequentiespecifieke DNA-bindende eiwitten zijn ontworpen met een verbetering in slagingspercentages van ongeveer 100-voud ten opzichte van eerdere methoden.

Sehgal, E., Politanska, Y., Mitra, R., Kim, P. T., Gonzalez Rodriguez, N., Warrier, T., Kubaney, A., Morishita, A., Quij (…)2026-04-27